Pre-Subnautica
Obdobje arhitekta
Arhitekti odkrijejo bakterijo Kharaa na zunanjem planetu med rutinsko širitvijo omrežja. Napaka v omrežju je povzročila neuspeh rutinskega postopka karantene arhitektov, kar je povzročilo najmanj 143 milijard smrti v njihovih osrednjih svetovih. Arhitekti so svoje osrednje svetove postavili v karanteno in pripeljali Kharo v izolirane raziskovalne ustanove za bolezni, vključno na Planet 4546B, da bi raziskovali in razvili zdravilo. Arhitekti zgradijo platformo za uveljavljanje karantene, raziskovalno ustanovo za bolezni, termalno elektrarno tujcev in zaklade zatočišč ter začeli graditi Warperje (ni znano, ali so bili Warperji zgrajeni prvič). Domneva se, da so arhitekti približno v tem času odkrili tudi velikanski fosil in začeli jemati vzorce iz njegovega prsnega koša.
Meteorit zadene 4546B v biomu Dunes. Nastali krater blokira vhod v zaklad Architect in udarec je zrušil enega od stebrov zaklada.
Arhitekti odkrijejo, da vrsta Sea Emperor Leviathan proizvaja encim 42, kompleksno spojino, ki zagotavlja odpornost proti Khari. Konstruirajo primarni zadrževalni objekt in zaklade tujcev. Ujamejo tudi 1600 let starega Sea Emperor Leviathana in njenih sedem jajc ter jih postavijo v primarni zadrževalni objekt. Menijo, da so arhitekti približno v tem času odkrili tudi starodavno okostje in izdelali Lost River Laboratory Cache.
Arhitekti postavijo različne relikvije drugih nezemeljskih ras, vključno s človeštvom, v primarni zadrževalni objekt.
Po testiranju živega Sea Emperor Leviathana arhitekti ugotovijo, da je prestar, da bi proizvedel dovolj močan encim 42, da bi deloval kot trajno zdravilo. Namesto tega arhitekti raziskujejo nerojena jajčeca na podlagi predpostavke, da bi mlajši primerek proizvedel močnejše encime. Sea Emperor Leviathan poskuša telepatsko sporočiti arhitektom, da nasilno valjenje jajčec ne bo delovalo, vendar po njenih besedah ”niso mogli slišati.”
Arhitekti so secirali jajce Sea Emperor Leviathana, da bi preučili plod, vendar je postopek ubil plod. Drugo jajce in več jajc drugih vrst na planetu postavijo v laboratorij za jajca Primary Containment Facility za nadaljnje raziskave. Arhitekti postavijo preostalih pet jajc Sea Emperor Leviathan v inkubatorsko napravo.
Arhitekti odnesejo jajce Sea Dragon Leviathana v ustanovo za raziskovanje bolezni, da preučijo pogoje za valitev jajc razreda Leviathan. Starševski Sea Dragon izsledi jajce in se zabije v objekt, uniči objekt, a kmalu zatem ubije morskega zmaja. Uničenje objekta povzroči sprostitev Khare na planet; arhitekti nato sprožijo planetarno karanteno, aktivirajo platformo za uveljavljanje karantene in ustavijo gradnjo nadaljnjih Warperjev.
Kharaa ubije večino vrst na planetu in prisili prednike sodobnih vrst, da se hitro razvijajo, da bi se ujemali z drastičnimi spremembami v ekosistemu. Vrsta Sea Emperor Leviathan je bila uničena, ker je njihov vir hrane izbrisal Kharaa, razen zadnjega preostalega primerka in njenih jajčec v Primarnem zadrževalnem objektu.
Preostali arhitekti se evakuirajo v zaklade svetišča, odstranijo svoja telesa in naložijo svoje misli v podatkovna središča. Menijo, da vse preostale arhitekte, ki niso naložili svojih misli v predpomnilnike, ubije Kharaa.
Živi Sea Emperor Leviathan uri Peepers, ki nosijo majhne količine encima 42, da uporabljajo odprtine Nezemljanov in raznašajo encim po planetu.
Nesreča Mercury II
Nekaj desetletij pred strmoglavljenjem Aurore je plovilo Sol Transgov Mercury II razmeroma nedotaknjeno potisnilo na tla s strani Quarantene Enforcement Platform in pristalo v Arctic Spires.
Posadka opravi popravila in poskuša zbrati biološke vzorce, vendar jih ovirajo divje živali planeta 4546B, zlasti Ice worms.
Člani posadke, okuženi z bakterijo Kharaa, so v karanteni in jih pustijo z opremo za preživetje in zalogami. Kapitan upa, da jih bo vrnil, vendar ni optimističen.
Ob vzletu Quarantine Enforcement Platform znova ustreli Mercury II, tokrat doseže neposredni zadetek in ga razbije. Kosi strmoglavijo blizu otoka Delta. Vsi preživeli naj bi bili mrtvi v nekaj dneh.
Degasijeva nesreča
10 let pred strmoglavljenjem Aurore, Quarantine Enforcement Platform sestreli Degasi, ki strmoglavi na Planet 4546B.
Preživeli Degasi zgradijo svoje baze na Plavajočem otoku, vendar se zaradi močnega deževja in Margueritine vztrajnosti preselijo v jamo Jellyshroom in Marguerit odkrije tablico.
Preživeli Degasi se ponovno preselijo na Deep Grand Reef, kjer Bart razloži očetu in Marguerit, da so okuženi z nečim, kar ni zabeleženo v podatkovni banki. Potem ko je Marguerit pripeljala poškodovanega Reaper Leviathana v bazo, je drugi Reaper Leviathan, ki je sledil Marguerit nazaj, napadel in uničil bazo. Marguerit je lovila bitje z namenom, da ga ubije, medtem ko je Paul sledil luči, ki jo je videl (verjetno Mesmer in ga je domnevno ubil Crabsquid), Bartu se je uspelo izmuzniti bitju in pobegniti v domnevno Varne plitvine ali Crash Zone in morda Plavajoči otok.
Bartu uspe preživeti nedoločen čas in si lahko zgradi morsko oporišče in morskega moka. Čeprav se je na koncu vrnil na Plavajoči otok, kjer je napisal svoj zadnji dnevnik, in najverjetneje podlegel Kharai.
Marguerit Maida pobegne v sektor zero, medtem ko drugi preživeli domnevno mrtvi.
Subnautica
Strmoglavljenje Aurore
Aurora poskuša izvesti manever s fračo v atmosferi planeta 4546B s 157 ljudmi na krovu, da začne z gradnjo novih faznih vrat v Ariadninem rokavu. Na skrivaj je Aurora zadolžena tudi za lociranje posadke Degasi, čeprav posadka ni pričakovala, da bo kaj našla.
Platforma za izvajanje karantene zazna Auroro in strelja nanjo, zaradi česar strmoglavi na 4546B, posadka pa se je prisiljena evakuirati.
V Lifepods 1-25 se uspe izstreliti od 29 do 44 ljudi, na površje pa jih uspe le deset. Možno je, da so druge rešilne kapsule prišle na površje, vendar zunaj kraterja, vendar so verjetno podlegle Ghost Leviathanom, ki prebivajo v Voidu. Le en Lifepod je prevažal mrtvega potnika. Vsak Lifepod je pristal v različnih biomih. Zlasti eden je Lifepod 5, v katerem je nameščen vodja vzdrževanja nepomembnih sistemov, Ryley Robinson. Zaradi zrahljane plošče med spuščanjem ga za tri ure izgubi zavest. Vsi drugi preživeli člani posadke so umrli v tem obdobju nezavesti.
Aurorino pogonsko jedro eksplodira.
Prihod Sunbeam
Po (verjetno) enem tednu Sunbeam sprejme klic v sili in pride rešit Ryleyja.
Sunbeam pošlje koordinate za Gorski otok, kjer bodo pristali.
Sunbeam uniči Platforma za izvajanje karantene, ki jo Ryley raziskuje in odkrije tablice nezemljanov, kontrolno sobo in približno lokacijo ustanove za raziskovanje bolezni.
Po raziskovanju gorskega otoka Ryley v njem najde lok Nezemljanov in ga aktivira ter ga popelje na plavajoči otok, kjer odkrije tudi morske baze Degasi.
Disease Research Facility
Ryley gre v ustanovo za raziskovanje bolezni in odkrije naravo Kharae ter spozna, da je okužen.
Ko je inkubacijsko obdobje za Kharaa končano (dva tedna, v tem času), se prejmejo koordinate za Alien Thermal Plant.
Lava zone
Ryley doseže tujo termoelektrarno in pridobi modro tablico, skupaj z načrti ionske baterije in ionske napajalne celice.
Sea Emperor
Ryley doseže primarni zadrževalni objekt in naleti na zdaj 2600 let starega Sea Emperor Leviathana.
Sea Emperor Leviathan telepatsko komunicira z Ryleyjem in mu razloži, da je treba njegova jajca izleči, da bi izkoreninili Kharaa.
Ryley izleže jajčeca, potem ko z loki zbere različne rastline iz različnih biomov, dojenčki Sea Emperor Leviatana pa sprostijo stabilno obliko encima 42, sicer znanega kot encimi Baby Leviathan. Ryley sodeluje z encimi in se tako pozdravi. Po igri s svojim staršem dojenčki zapustijo akvarij skozi lok za inkubatorjem. Njun starš ostane, saj je veliko prevelika za potovanje skozi slavolok, sčasoma umre tukaj, čeprav Ryley tega nikoli ne vidi.
Ryley gre skozi akvarijski lok, ki je povezan z lokom na viseči ploščadi blizu ploščadi za izvrševanje karantene, vstopi noter, zdaj ozdravljen, lahko onesposobi orožje, kar mu omogoči pobeg.
Raketa za pobeg Neptun
Ryley se vrne na zdaj uničeno Auroro in pridobi načrt Neptune Escape Rocket, kjer ga na koncu tudi sestavi.
Po vstopu v raketo in njeni aktivaciji, polet s Planeta 4546B. Med kroženjem okoli planeta Sea Emperor Leviathan še zadnjič komunicira z Ryleyjem, tik preden ta zapusti sistem in se odpravi nazaj na Zemljo.
Nato dobi obvestilo, da mora za pristanek plačati pristojbino v višini 1.000.000.000.000 kreditov, ki jih je zbral z uporabo virov planeta.
Ko se Ryley vrne, Alterra Corporation izve vrednost planeta.